目次
- 序章：補助金は後払い。だからこそ「資金調達設計」が必要
- 第1章：補助金を申請する際のお金の流れを解説
- 第2章：融資には3つの種類がある（補助金ユーザーが理解すべき基本）
- 第3章：補助金 × 融資 3パターンのメリット・デメリット
- 第4章：制度融資の具体例：東京都制度融資
- 第5章：まとめ：補助金の価値は“融資設計”で最大化する
序章：補助金は後払い。だからこそ「資金調達設計」が必要
補助金は、設備投資やIT導入などの成長投資を後押ししてくれる心強い制度です。返済不要であることから、「採択されれば資金面の不安が一気に解消する」と感じる方も少なくありません。 ただし実務では、ここにひとつ大きな落とし穴があります。多くの補助金は後払いで、入金より先に「発注」「支払い」が発生します。 つまり、採択されても手元資金が不足していると、投資を実行できず、最悪の場合は補助事業そのものが止まってしまう可能性があります。
だからこそ重要になるのが、補助金を前提にした資金調達設計です。補助金で賄えない自己負担分や、入金までの“つなぎ”をどう確保するかを、申請段階から見据えておくことで、採択後に慌てずに事業を進められます。
本記事ではまず、「補助金を申請するとお金の流れがどうなるか」を整理したうえで、自己資金で対応するケースと、金融機関から資金を調達するケースを比較しながら、プロパー融資・信用保証協会付き融資・制度融資という3つの選択肢を解説します。 最後に、制度融資の具体例として東京都制度融資を取り上げ、補助金と組み合わせる際の考え方を記載します。
第1章：補助金を申請する際のお金の流れを解説
補助金を活用するうえで最初に理解しておきたいのが、「お金がいつ出て、いつ戻ってくるのか」という資金の流れです。 補助金は返済不要という点ばかりが注目されがちですが、実務上は“先に支払い、後から入金される”仕組みであることを正しく理解しておかないと、採択後に資金繰りで行き詰まるケースも少なくありません。
本章ではまず、補助金申請時の典型的なキャッシュフローを整理したうえで、最近の経済産業省系補助金の代表例として省力化補助金（一般型）のスケジュールをもとに、資金繰り上の注意点を解説します。
1-1. 補助金の典型的なキャッシュフロー
補助金申請から入金までの流れは、制度ごとに細かな違いはあるものの、概ね次のステップで進みます。
- 申請
事業計画書や必要書類を作成し、補助金に応募します。 - 採択（＝採択通知）
審査を通過すると採択通知が届きます。ただし、この時点では「補助金がもらえることが確定した」わけではありません。 - 交付申請
採択後、改めて交付申請を行い、補助事業の内容や経費の妥当性について最終確認が行われます。 - 発注・契約
交付決定後に、設備やシステムの発注・契約を行います。 - 支払い（キャッシュアウト）
設備代金やシステム費用を事業者が一度、全額支払います。このタイミングが、資金繰り上もっとも負担が大きくなります。 - 実績報告
導入内容や支出証憑をまとめ、補助事業が計画どおり実施されたことを報告します。 - 補助金入金（キャッシュイン）
実績報告と審査を経て、補助金額が確定し、ようやく入金されます。 - 事業実施効果報告
入金後も、一定期間は事業効果の報告が求められます。
ポイント
- 補助金は「採択された＝すぐに入金される」制度ではありません。
- 特に資金繰りが厳しくなるのは、交付決定後〜支払い〜補助金入金までの期間です。この期間をどう乗り切るかが、補助金活用の成否を分けます。
この流れを前提に、申請段階から「いつ・いくら支払いが発生し、いつ入金が来るか」を見える化しておくことが重要です。
1-2. その上で、資金繰りの選択肢は3つ
補助金の“後払い構造”を前提にすると、事業者が取り得る資金繰りの選択肢は大きく分けて次の3つです。
- 自己資金で対応する
内部留保や現預金を使って支払いを行う方法です。資金余力が十分にあれば最もシンプルですが、投資後の運転資金が枯渇しないか注意が必要です。 - 借入で対応する
金融機関から融資を受け、補助金が入金されるまでの資金を確保します。多くの企業にとって、もっとも現実的な選択肢です。 - 役員借入等で一時的に補う
緊急的な対応として行われることがあります。
実務では「自己資金＋借入」を組み合わせるケースも多く、投資規模・入金までの期間・手元運転資金の厚みによって最適解が変わります。
1-3. 自己資金で足りないなら、まず金融機関に相談が必要
補助金はあくまで「投資額の一部を、後から補填する制度」です。したがって、着手金や自己負担分、補助対象外経費、さらには事業継続に必要な運転資金まで含めると、自己資金だけで賄えないケースは少なくありません。
その場合の現実的な解決策が、金融機関からの融資です。次章では、補助金と組み合わせて検討すべき主要な融資の種類について、メリット・デメリットを整理していきます。
第2章：融資には3つの種類がある（補助金ユーザーが理解すべき基本）
補助金と組み合わせる融資は、次の3類型に分類できます。まず全体像を表で整理し、そのあとに各類型を詳しく解説します。
| 類型 | 概要 | 主なメリット | 主な注意点 |
|---|---|---|---|
| プロパー融資 | 銀行が単独でリスクを取り、独自基準で貸し出す | スピード／条件の柔軟性 | 審査が厳しめ（財務基盤が重視されやすい） |
| 信用保証協会付き融資 | 保証協会が保証人となり、銀行のリスクを一部軽減 | 創業期・赤字でも相対的に利用しやすい | 保証料負担／保証枠の制約 |
| 制度融資 | 自治体が制度設計し、金融機関・保証協会と連携 | 低利・優遇（利子補給、保証料補助等） | 手続きが重く、要件が年度・自治体で変わり得る |
この表から分かることは、「どれが良い／悪い」ではなく、スケジュール・財務状況・投資規模で向き不向きが変わるという点です。 それぞれ順に見ていきましょう。
① プロパー融資（銀行独自の融資）
概要：銀行が単独でリスクを取り、独自基準で貸し出す融資。
メリット
- 審査～実行までが早い
- 条件設定が柔軟
- 財務基盤が安定している会社の場合、大型案件にも対応しやすい
デメリット
- 審査が最も厳しい
- 創業・赤字企業は対象外になりやすい
プロパー融資は、保証協会や自治体を挟まない分、銀行判断で話が進むためスピード感があります。また、返済期間や担保条件なども個別交渉しやすく、補助対象外の費用や周辺投資も含めてまとめて借りたい場合に向いています。 一方で、銀行が最もリスクを負うのがプロパー融資です。そのため、財務内容や返済能力への要求水準は高く、一定の財務基盤がある企業向けの選択肢と言えます。
② 信用保証協会付き融資（一般的な保証付き融資）
概要：保証協会が公的な保証人として銀行のリスクを肩代わりする仕組み。
メリット
- 創業期や赤字企業でも比較的借りやすい
- プロパーより審査が通りやすい
デメリット
- 保証料が必要
- 保証枠の上限があり、複数利用は制限される
プロパー融資と比べると、信用保証協会がリスクの一部を引き受けるため、銀行の審査ハードルは下がります。そのため、創業間もない企業や、直近期が赤字の企業でも、補助金と組み合わせて活用しやすいのが特徴です。 一方で、企業が保証料を負担する必要があり、金利とは別のコストが発生します。また、保証協会には企業ごとの保証枠があるため、既に借入が多い場合は、新たな融資が受けにくくなる点にも注意が必要です。
③ 制度融資（都道府県・自治体が支援する公的融資）
概要：自治体が制度設計し、金融機関・保証協会と連携して、低利・長期で借りやすくする仕組み。
メリット
- 3類型の中で金利が低いことが多い（理由は次節で解説）
- 保証料補助・利子補給などの優遇がある
- 例：東京都の制度融資では、制度により小規模企業者の信用保証料の補助が示されています
デメリット
- 手続きが複雑で時間がかかる
- 自治体や年度ごとに要件が異なる
制度融資がプロパー融資や一般の保証協会付き融資より低金利になりやすいのは、自治体が「預託」「利子補給」「保証料補助」などで支援しているためです。 このように、自治体の支援が入ることで、企業の実質的な資金調達コストが下がる仕組みになっています。
一方で制度融資は、銀行だけでなく自治体や保証協会も関与するため、プロパー融資や一般の保証協会付き融資と比べて手続きが重くなりがちです。また、制度内容は年度ごとに見直されたり地方自治体ごとに変わるため、「去年と同じ条件で使える」「全国どこでも同じ条件で使える」とは限らない点も注意が必要です。
制度融資の基本構造（3者の役割分担）
制度融資は、次の三者がそれぞれ役割を分担することで成り立っています。
- 銀行
実際に企業へ融資を実行する資金の出し手です。民間金融機関として、貸倒リスクや収益性を意識します。 - 信用保証協会
融資に対する保証を提供し、万が一返済不能となった場合には代位弁済を行います。これにより、銀行のリスクが軽減されます。 - 自治体（都道府県・市区町村）
政策目的に沿った投資を後押しするため、融資条件が有利になるよう制度全体を支援します。
自治体が行う主な支援策としては、「預託」「利子補給」「保証料補助」が代表的です。以下でそれぞれの支援策について詳しく説明していきます。
「預託」があると、なぜ金利が下がるのか
東京都の制度融資要項では、預託金について「東京都が金融機関に対して預金する貸付原資の一部」であり、これにより「円滑な資金供給」と「低利な政策金利の実現」を図る、と説明されています。 この仕組みを噛み砕くと、次のようになります。
- 自治体が、あらかじめ銀行に資金（貸付原資の一部）を預ける
- 銀行は、自己資金だけで融資する場合に比べて、資金面の負担が相対的に軽くなる
- 結果として、低い金利でも融資を実行しやすくなる
つまり、預託があることで、銀行側にとって「低利で融資を実行しやすい」構造が生まれ、それが金利の引き下げ余地につながります。
「利子補給」「保証料補助」があると、なぜ実質負担が下がるのか
制度融資では、預託だけでなく、自治体が企業の負担を直接軽減する仕組みが用意されているケースもあります。 例えば東京都の制度融資では、利子の一部を東京都が補助する旨が示されています。 また、制度によっては信用保証協会に支払う保証料の一部を自治体が補助する設計もあります。
- 表面上の金利が低くなる（または利子補給で実質負担が軽くなる）
- 保証料負担が軽減される
- 結果として、実質的な資金調達コストが下がる
こうした支援が重なることで、制度融資は「金利＋保証料などの総コスト」で見た際に有利になりやすい仕組みと言えます。
まとめ：制度融資が低金利になりやすい理由
制度融資が低金利・低コストになりやすいのは、単に「公的制度だから」ではありません。 自治体が預託により銀行側の条件面を整え、利子補給によって金利負担を直接軽減し、保証料補助によって付随コストも抑える――という複層的な支援構造があるからこそ、プロパー融資や一般の保証協会付き融資と比べて、金利や総コストが下がりやすい仕組みになっています。
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第3章：補助金 × 融資 3パターンのメリット・デメリット
本章では第2章でご説明した各類型の特徴を踏まえ、補助金と組み合わせたときのメリット・デメリットを整理します。 先に比較表を置いたうえで、各パターンを文章で補足します。
| 組み合わせ | 主なメリット | 主な注意点 |
|---|---|---|
| 補助金 × プロパー融資 | スピード／柔軟性／大型投資に対応しやすい | 財務体力・長期返済の見立て次第で難易度が上がる |
| 補助金 × 信用保証協会付き融資 | 創業期・赤字でも相対的に利用しやすい | 二段階審査で時間／保証料負担 |
| 補助金 × 制度融資 | 低利・優遇で資金コストを抑えやすい | 手続きが煩雑／要件の年度・自治体差分確認が必須 |
この表から分かることは、「スケジュール（いつ資金が必要か）」と「総コスト（利息・保証料等）」のトレードオフが生じやすい点です。 以下、各パターンの特徴を具体的に見ていきます。
① 補助金 × プロパー融資
メリット
- スピード最速 → 補助金スケジュールに合わせやすい
- 周辺費用も含め柔軟に借りられる
- 財務基盤が安定している場合、大規模投資補助金などの大型投資に向く
デメリット
- 返済期間が長い設備投資用途は、銀行の見立て次第で厳しくなることも（担保や財務体力が弱いと難易度が上がる）
プロパー融資は、保証協会や自治体を介さず銀行単独で判断できるため、3パターンの中で最もスピード感があります。交付決定後、すぐに発注・支払いを行いたいケースでは相性が良好です。 一方で、補助金を使った設備投資は回収期間が長くなることもあり、銀行が将来の事業環境変化リスクを意識して慎重判断になるケースがあります。
② 補助金 × 信用保証協会付き融資
メリット
- 創業期・赤字企業でも利用しやすい（小規模事業者持続化補助金等のユーザー層と親和性が高い）
- 保証付きなので設備投資の長期返済でも通る可能性が相対的に上がる
デメリット
- 融資実行まで時間がかかる場合がある → 補助金の締切より前倒しで動く必要
- 保証料負担が増え、補助金の効果を一部相殺することがある
信用保証協会付き融資は、保証協会がリスクを一部引き受けるため、プロパー融資と比べて銀行の審査が通りやすいのが特徴です。 一方で、銀行と保証協会の二段階審査となるため、融資実行までに一定の時間を要するケースがあります。補助金の締切や交付決定時期を見据え、早めに動き出すことが前提になります。
③ 補助金 × 制度融資（相性が良い選択肢）
メリット
- 金利・保証料の面で有利になりやすく、採択後のキャッシュフローを圧迫しにくい
デメリット
- 手続きが最も煩雑 → 締切よりだいぶ前に着手が必要
- 自治体要件・年度差分の確認が不可欠
制度融資は、自治体による預託や利子補給、保証料補助などの支援があるため、3パターンの中で資金調達コストが低くなりやすいのが特徴です。 一方で、銀行・保証協会・自治体が関与するため、書類作成や事前確認が多く、準備負担が大きくなりがちです。補助金の締切から逆算し、かなり前の段階から着手する必要があります。
第4章：制度融資の具体例：東京都制度融資
ここでは制度融資の具体像を掴むため、一例として東京都の制度融資（令和7年度）を取り上げます。 あくまで例示ですが、制度融資がどのような設計で作られており、なぜ補助金ユーザーにとって選択肢になりやすいのかを理解するうえで参考になります。
東京都制度融資の特徴（例）
東京都の制度融資は、都内中小企業の資金調達を円滑にすることを目的として、複数の融資メニューが体系的に用意されています。主な特徴は次のとおりです。
- 限度額：制度メニューにより異なる（比較的大きな金額まで対応できる設計のメニューもあります）
- 金利：政策金利（利率区分に基づく）
- 保証料補助：制度により信用保証料の補助が用意される場合があります
以下に、令和7年度の「政策課題対応資金：DX・イノベ・産業育成支援（DX）」を具体例として整理します（年度により制度内容が変更されるため、必ず最新要項をご確認ください）。
| 項目 | 例：DX・イノベ・産業育成支援（DX） |
|---|---|
| 融資対象（例） | 都内に事業所がある事業者 等（例：パートナーシップ構築宣言をし公表している事業者 等） |
| 融資限度額 | 2億8,000万円（※メニュー定義により異なる場合があります） |
| 融資期間（据置） | 15年以内（2年） |
| 融資利率（目安） | 1.65%以内〜2.35%以内 |
| 保証料補助（例） | 小規模企業者：信用保証料の2分の1補助（制度により） |
公式情報は、東京都中小企業制度融資（要項・パンフレット）から確認できます。
要項・パンフレット（東京都中小企業制度融資）
東京都中小企業制度融資（トップ）
補助金ユーザーと相性が良いポイント
東京都制度融資は、補助金を活用する企業にとって、次の点で特に使いやすい場面があります。
- 設備投資・DX投資を低利で賄える可能性がある
補助金で賄えない自己負担分の融資についても、金利負担を抑えた形で資金調達できる場合があります。 - 補助金計画を事業計画に転用しやすい
補助金申請時に作成した事業計画は、制度融資の説明資料としても活用しやすく、二重で計画を作る負担が軽減されます。 - 利子補助・保証料補助により総コストが下がりやすい場合がある
金利だけでなく、保証料まで含めた「総コスト」で見た場合に、有利になるケースがあります。
ただし、制度融資はメニューごとに要件が異なり、年度改定もあり得ます。利用前提で動く場合は、必ず最新要項の確認と、早めの相談が重要です。
活用シナリオ
最後に、補助金を活用するケースを想定した、制度融資との組み合わせ例を整理します。
- 補助金申請に向けて設備投資の内容や効果を整理し、事業計画を作成する
- 同時に金融機関へ相談し、「補助金を活用した設備投資である」ことを共有する
- 自治体の制度融資について要件を確認し、必要書類を準備したうえで申請する
- 補助金の申請・採択を経て、自己負担分の資金を制度融資で確保する
この流れにより、補助金が入金されるまでの期間も資金繰りが安定し、無理のない形で設備導入を進めることができます。 結果として、金利負担を抑えながら投資を実行でき、補助事業を最後まで「資金が枯渇するリスクを抑えながら」進められる点が大きなメリットです。
第5章：まとめ：補助金の価値は“融資設計”で最大化する
補助金は後払いである以上、まずキャッシュフロー（支払いと入金まで）を見える化することが必要です。そのうえで、融資はプロパー・保証協会付き・制度融資の3つに大別でき、どれを組み合わせるかで投資の進めやすさや資金負担は大きく変わります。
特に制度融資は、自治体が預託や補助で仕組みを支えることで低利・低コストになりやすく、補助金と併用しやすい選択肢です。自社の資金余力とスケジュールに合わせて最適な融資を選び、補助金活用をより確実に進めていきましょう。
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それでは次回の記事もお楽しみにしていてください！
早稲田大学卒業後、大手総合商社に勤務し、
企業成長と多様な働き方の両立を支援する株式会社WellFlagsを設立
ものづくり補助金やIT補助金等の補助金申請代行の専門家として、各種補助金のコンサルタント、申請代行を実施
高い採択率を誇る補助金申請プロサポートの代表コンサルタントとしても活動中